TÉLÉCHARGER BIODOME FILM

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Lors de ce volet du projet, des travaux ont également été menés afin de mettre au point une méthode originale de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse permettant de confirmer le marquage de l'ADN lors des essais SIP.

L'autre volet de ce projet était d'identifier les populations bactériennes responsables de 1'activité de dénitrification dans le biofilm. Une approche combinant différentes techniques de biologie moléculaire a permis de dresser un portrait plus complet de la dynamique fonctionnelle du biofilm à l'étude. Les gènes narG, napA, nirS, nirK, cnorB, qnorB et nosZ, codant pour les sous-unités catalytiques des réductases impliquées dans la dénitrification, ont été utilisés comme marqueurs de la diversité des populations dénitrifiantes.

Dans un premier temps, ces gènes ont été amplifiés par PCR avec des amorces dégénérées à partir de 1'ADN extrait du biofilm, pour être ensuite clonés et séquencés.

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Au total, 25 gènes, tous affiliés aux Protéobacteries, ont été trouvés dont certains n'ont jamais été répertoriés auparavant dans la littérature. JAM1, deux souches isolées à partir du biofilm. Des essais de PCR quantitative ont ensuite été réalisés afin d'évaluer l'abondance des gènes narG et napA, pouvant représenter des bactéries réductrices de nitrate ou dénitrifiantes, ainsi que nirS et nirK, ciblant les populations dénitrifiantes.

Les gènes retrouvés chez Hyphomicrobium sp. NL23 et Methylophaga sp.

JAM1 étaient les plus abondants, la quantification des autres gènes étaient de 10 à fois moindre. Parallèlement, 1'activité des populations dénitrifiantes a été évaluée par transcription inverse couplée à la PCR sur l'ARN extrait du biofilm. Seulement l'expression de quelques gènes a été détectée dont, entre autres, narGJ de Methylophaga sp.

Ces résultats suggèrent que la souche NL23 utilise directement le nitrite présent dans le biofilm, probablement produit par les bactéries réductrices de nitrate, dont la souche JAM1, pour supporter sa croissance. Les travaux réalisés au cours de ce projet de recherche nous permettent de mieux comprendre la fonction des populations dénitrifiantes du biofilm.

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L'ensemble de ces résultats suggère que Methylophaga sp. JAM1 et Hyphomicrobium sp. NL23 jouent un rôle majeur dans l'activité du biofilm.